En raison de la progression du peuplement, une mission fut constituée en 1839. L’abbé Michel Dufresne, curé de Saint-Gervais, se noya en traversant le ruisseau de la Chute du 1er rang alors qu’il allait porter les sacrements à un mourant de la mission.
Conçue par l’architecte Joseph-Ferdinand Peachy, la première église est édifiée en 1852, mais il faut attendre 1854 pour que la paroisse soit érigée officiellement sous le nom de Saint-Raphaël, honorant ainsi la mémoire de François-Raphaël Paquet, curé de Saint-Gervais, décédé en 1843 qui participa à la création de la paroisse, mais aussi l’archange Raphaël.
Au début de 1902, l’architecte Georges-Émile Tanguay prépare des plans pour des réparations à l’intérieur et à l’extérieur de l’église. En 1908, l’architecte Joseph-Pierre Ouellet recommande des modifications au clocher.
Au début des années 1900 est construit un couvent à deux étages dirigé par les Sœurs de la Charité de Saint-Louis qui arrivèrent à Saint-Raphaël en 1906 et y demeureront jusqu’en 1999. En 1951, on remplace le couvent par un nouveau bâtiment.
En août 1895, les sœurs Notre-Dame du Perpétuel Secours arrivaient à Saint-Raphaël comme enseignantes. Elles s’occuperont aussi des personnes âgées et des malades. Les Sœurs Servantes du Saint Cœur de Marie prendront la relève jusqu’en l’an 2000.
L’Église a été citée immeuble patrimonial par la municipalité en 2008. Elle est classée « C » par le Conseil du patrimoine religieux. En 2017, la population du lieu est de 2 521 habitants.
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