Le toponyme Saint-Charles rappellerait Charles Couillard de Beaumont, seigneur de Beaumont en 1672, et saint Charles-Borromée (1538-1584), neveu du pape Pie IV.
À la fin des années 1740, les habitants de cette partie du territoire jusqu’alors rattachée à la paroisse de Saint-Étienne de Beaumont se concertent pour que soit créée une nouvelle paroisse. Le premier curé, l’abbé Louis-Pascal Sarrault arrive en 1749, année marquant la fondation de la paroisse.
La première église est terminée en 1757. Pour des raisons inconnues, la paroisse ne fut érigée canoniquement qu’en 1827.
En 1828, l’église actuelle est érigée sur le même site et dans le même esprit que celle d’origine, en gardant le chœur, mais en élargissant et allongeant la nef. En 1878, les Sœurs de la Charité de Québec prennent sous leur aile une école modèle de filles à Saint-Charles. Neuf ans plus tard, elles érigent un couvent.
Au début des années 1900, l’école de garçons devient un petit collège dont les Frères de l’Instruction chrétienne assumeront la responsabilité. La fabrique de la paroisse de Saint-Charles est considérée comme ayant le plus contribué en Bellechasse à l’éducation des jeunes par les écoles de fabrique qui deviendront vers 1829 les écoles de rang sous la responsabilité de syndics d’école puis de Commission scolaire.
En 2013, la municipalité à cité l’église, le presbytère, le couvent et le cimetière en vertu de la nouvelle Loi sur le patrimoine culturel.
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