Honfleur est officiellement la plus jeune municipalité de la MRC de Bellechasse, ce qui n’a pas empêché la paroisse de célébrer son centenaire en 2004 se référant en cela à la date d’arrivée du premier prêtre résident cent ans plus tôt. Il aura fallu beaucoup de détermination pour que ce territoire, formé à même des parties de Sainte-Claire, Saint-Anselme, Saint Gervais et Saint-Lazare, ne devienne paroisse.
Mgr Bégin a donné à la nouvelle paroisse le nom de Notre-Dame-du-Bon-Conseil. Ce vocable très ancien serait originaire de Genazzano (Italie) où, changement de vocation, un sanctuaire à la Vierge fut élevé sur un ancien site de culte à la déesse Vénus. Le lieu prit de la notoriété et l’Ordre des Augustins s’y installa, propageant la dévotion à Notre-Dame-du-Bon-Conseil. Le toponyme Honfleur ferait référence à Saint-Léonard-de-Honfleur (Lisieux, France), lieu de naissance de Louis Bégin, l’ancêtre du cardinal Louis-Nazaire Bégin (1840-1925). C’est aussi le lieu d’où partit Champlain pour venir en Nouvelle-France.
En 1903, malgré l’inexistence d’un statut officiel de paroisse, l’archevêque autorisa la construction d’une église et d’un presbytère pour loger le prêtre desservant, l’abbé Chabot. Le contrat fut donné à un entrepreneur de Saint-Damien et les paroissiens entendirent leur première messe dans l’église toute neuve à Noël 1904.
L’église est classée « D » par le Conseil du patrimoine religieux du Québec. La municipalité a été constituée officiellement en 1915 et sa population est, en 2017, de 824 habitants.
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